故事讲述的是帝骑穿越到各个假面骑士的世界去战斗的故事。空我、亚极陀、龙骑、555、剑、响鬼、甲斗王、电王、月骑、亚马逊、暗日、暗日生化体等假面骑士均会出现，这也是本剧的卖点之一。

异次元人亚波妄想侵占地球，制造了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的导弹超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的货车驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中，但被艾斯·奥特曼所救。而艾斯竟然把自己的生命溶入了二人的身体中......

在未知生命体全部被消灭后的两年，人类迎来了短暂的和平。但海滩上突然出现的神秘欧帕兹，打破了这一和平。城市中再度出现了人类离奇死亡的案件，这次残杀人们的凶手是新的敌人——不明物体。它们拥有着人类无法匹敌的神秘力量，就连专门为之成立的G3小队也对它们毫无办法。失去记忆的开朗少年津上翔一，暂住在美杉教授家中，与美杉教授的侄女风谷真鱼、儿子美杉太一一起生活。但隐藏在翔一天真笑容背后的，其实是神秘的英雄——假面骑士亚极陀。每当不明物体出现残杀人类时，他便会受到感应前去消灭它们。愈发强大的不明物体、津上翔一过去的记忆以及从欧帕兹中诞生的神秘黑衣少年，它们之间有着什么样的联系呢？一切的真相又是什么？

夏目教授带着他的考古团队，在长野县九郎岳的一处神秘遗迹里，发现了一口神秘的棺材。当他们打开尘封的棺盖后，释放出了恐怖的怪物。苏醒的怪物灭掉了整个考古团队的人，随后，就消失不见了。这件事发生后，就开始了出现了一系列的怪事，可怕的未知生命体接二连三地出现。立志要守护大家笑容的五代雄介，在目睹了古朗基一号的暴行后，他决定戴上腰带，成为假面骑士空我。

铠武活跃的舞台是在一个新兴都市。以巨大企业为核心，经济十分繁荣，然而却有种闭塞的感觉，于是年轻人通过跳街舞驱散沉闷的气氛。在这些年轻人中间，暗地里流行着一种通过lock seed召唤小动物Invase，并让它们互相战斗的游戏。这些小动物Invase在游戏进行中会从打开的“异世界之门”现身，然而通往“异世界”的门却开始在世界各地开启，招来了威胁人类的危机。

在火星上发现的神秘潘多拉魔盒引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁将日本分为东都、西都、北都三个部分。而在东都出现了被称为“猛击者”的未知生命体，不断袭击东都的市民。保护市民免受“猛击者”侵扰的就是由天才物理学家桐生战兔所变身而成的假面骑士创骑。战兔和龙我等人在追查猛击者的过程中，将一步步揭开隐藏在身边的惊天阴谋！