因为拥有能够看到妖精的特殊体质，少女莉迪雅（水树奈奈 配音）常常遭到同伴们的排挤和孤立，但是即便如此，莉迪雅依旧决定利用自己的能力，成为一个专门处理人类和妖精之间事宜的妖精博士。某一日，在渡轮上，莉迪雅遇见了一位神秘的金发青年——爱德格（绿川光 配音）。爱德格自称青骑士伯爵，并且请求莉迪雅帮助他寻找其遗失的，能够证明身份的宝剑。就这样，莉迪雅同爱德格签订了契约，一同踏上了寻宝的旅程。城市里发生了臭名昭著的强盗事件，被通缉的犯人无论怎么看都很像身边来路不明的爱德格，而那个跟随在爱德格身边不离不弃的少年随从雷温（杉田智和 配音），也越发的形迹可疑起来。爱德格真的是伯爵吗？他又隐藏了怎样不可为人道的身世呢？逐渐的，莉迪雅发现自己正在接近事件的真相。

“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 “现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连同小智一行人一起全部带往了反转世界。 从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。 就在这时，骑拉帝纳突然出现，向洁咪发动攻击。小智等人正要与骑拉帝纳对抗，却传来制止之声。说话者是名叫穆玄·葛雷斯蓝多的学者，他告诉小智等人不可以让骑拉帝纳生气。 正在小智一行在穆玄·葛雷斯蓝多的帮助下向现实世界回返之时，企图利用骑拉帝纳的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰“百万力霸”的谜之青年，杰洛出现了。和洁咪一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过杰洛的追踪。 前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!